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インボイス制度が始まってから3年がたち、仕入税額控除の経過措置は2026年10月1日に控除割合が80%から70%へ下がりました。割合が切り替わったことで、免税事業者からの仕入れにかかる消費税の扱いは今までより複雑になり、手作業での仕訳はミスが増えやすくなります。

この記事でわかることは3つです。経過措置の何が変わるのか、経理の手間はどう増えるのか、会計ソフトの自動化でどこまで負担を減らせるか。**税額の判断は税理士または国税庁の案内で確認してください。**この記事はツール選びの視点に絞ります。

経過措置とは何か、2026年10月に何が変わったか

インボイス制度では、免税事業者など適格請求書を発行できない相手からの仕入れは、原則として仕入税額控除の対象になりません。急な負担増を避けるため、制度開始から一定期間は、控除できない分の一部をなお控除できる経過措置が設けられています。

制度が始まった2023年10月から2026年9月までは、対象の仕入れにかかる消費税額の80%を控除できる期間でした。**2026年10月1日からは70%に下がりました。**国税庁のインボイスQ&A（問113）によると、その後は2028年10月から50%、2030年10月から30%と下がり、2031年10月以降は控除できなくなります（令和8年度税制改正・最終確認日：2026-10-04）。

ここで押さえておくべきなのは割合の数字そのものより、「今まで同じやり方で仕訳していた取引の一部が、10月を境に控除額の計算が変わる」という事実です。取引先が適格請求書発行事業者かどうかを見分け、控除割合が変わったタイミングを正しく反映できるかが、これからの経理の実務に直結します。

経過措置の縮小で経理の手間はどう増えるか

具体的に増える作業は3つです。

1. 取引先の適格請求書発行事業者の判定

免税事業者からの仕入れと、課税事業者（適格請求書発行事業者）からの仕入れで、控除の扱いが変わります。取引先ごとに「登録番号があるか」を管理し続ける必要があります。

2. 控除割合の切り替えタイミングの管理

2026年9月までの取引と10月以降の取引で、控除割合の計算が変わります。国税庁のQ&A（問113-3）では、どちらの割合を使うかは請求日や支払日ではなく、サービスなら提供が完了した日、商品なら引き渡しの日で決まると説明されています。月をまたぐ請求や、締め日と支払日がずれる取引は、完了日・引き渡し日を確かめる手間が発生します。

3. 仕訳への反映もれのチェック

控除割合が変わったことに気づかず、古い割合のまま仕訳を続けてしまうミスが起きやすくなります。特に、普段は自動仕訳の提案をそのまま承認している人ほど見落としやすい局面です。

これらを手作業のスプレッドシートで追うのは、取引先が数社程度ならまだ現実的です。取引先が増えるほど、判定と切り替えの管理が個人の記憶とチェック頻度に依存する形になり、ミスの発生率が上がります。

3つの対応方法を比較する

対応の仕方は大きく3つに分かれます。

インボイス経過措置縮小 ｜ 対応の仕方

3つの対応方法の向き不向き

取引先の数と、自分で申告するかどうかで選び分けます

→ 表は横にスクロールできます

	取引先の判定	割合切り替えの反映	向いている人
手作業・スプレッドシート 無料で今すぐできる	× 取引先ごとに自分で調べて記録	× 月ごとに自分で割合を書き換え	○ 取引先が数社程度の人
クラウド会計ソフト 記録から申告書まで1本で	○ 取引先登録時に自動判定	○ 仕訳時に該当の割合を反映	○ 取引先が多い・自分で申告する人
税理士・記帳代行に委託 判断ごと任せられる	○ 専門家が個別に確認	○ 税制改正への対応も含めて相談可	△ 委託費用がかかる

取引先が数社程度で、経理にかける時間が少ないなら手作業でも回せます。ただし取引先が10社を超えるあたりから、判定もれのリスクが目に見えて上がります。委託は判断ごと任せられる安心感がある一方、毎月の費用が発生します。自分で申告する前提で、取引先の数がある程度あるなら、クラウド会計ソフトでの自動化が現実的な選択肢です。

クラウド会計ソフトを選ぶときのチェックポイント

1. 取引先ごとの登録番号の管理・判定ができるか

取引先を登録した時点で、適格請求書発行事業者かどうかを管理できる機能があるかを確認します。仕訳のたびに自分で判定するのと、登録時点で仕組みに任せられるのとでは、月々の作業量が大きく変わります。

2. 控除割合の切り替えに追随しているか

制度側の割合が変わったとき、ソフト側のアップデートで反映されるかどうかは重要な確認事項です。手動で設定を書き換える必要があるソフトだと、切り替えのタイミングを見逃すリスクが残ります。

3. 電子で受け取った請求書・領収書の保存に対応しているか

インボイス対応と電子帳簿保存法は別の制度ですが、どちらも電子データの扱いが絡みます。受け取った請求書をデータのまま保存できるかも、あわせて確認しておくと二度手間になりません。

4. 料金と、無料で試せる範囲

会計ソフトの切り替えは手間がかかるため、1年使う前提で選びます。月額だけでなく、無料期間のあとに自動で有料へ切り替わるかどうかまで見てください。

マネーフォワード クラウド確定申告の対応内容（最終確認日：2026-09-25）

公式のサポートページでは、取引先を登録して仕訳登録時に設定すると、システムが取引先が適格請求書発行事業者かどうかを判定し、「インボイス」欄に判定結果を反映すると案内されています。会計期間の途中から課税事業者になる場合の設定手順も、サポートページに個別に用意されています。

料金は個人事業主向けで3プランに分かれ、パーソナルミニが月900円〜（年払い）、パーソナルが月1,280円〜、パーソナルプラスが月2,980円〜です（最終確認日：2026-09-25）。1ヶ月無料で試すことができ、その後に自動で有料プランへ移行することはないと公式ページに記載されています。プラン差は消費税申告への対応可否（ミニは非対応）や証憑の保存件数などです。正確な現在の料金・プラン内容は公式サイトで確認してください。

免税事業者に戻るという選択肢について

インボイス発行事業者の登録をやめて、免税事業者に戻ることも制度上は可能です。売上先が主に消費者や免税事業者で、仕入税額控除を必要としない相手が多いなら、登録を続けるメリットが小さい場合があります。

一方で、課税事業者との取引がある場合は、登録をやめると取引先側の控除に影響し、価格交渉や取引条件の見直しにつながることもあります。**この判断は経理の効率化だけでは決められません。**売上構成や取引先との関係を踏まえて、税理士に相談するか、国税庁のインボイス制度特設サイトで登録取りやめの手続きと影響を確認してください。

よくある質問（FAQ）

Q. 控除割合は具体的に何%になりますか？

A. **2026年10月1日から2028年9月30日までは70%です。**国税庁のQ&A（問113）では、2028年10月から50%、2030年10月から30%、2031年10月以降は控除なしと示されています（最終確認日：2026-10-04）。自分の取引への当てはめは、国税庁の案内か税理士で確認してください。

Q. 会計ソフトを使えば、控除割合の判断も自動でやってくれますか？

A. 取引先の登録番号の管理や、仕訳への割合の反映は自動化できます。ただし最終的にどの取引にどの扱いを適用するかの判断は、ソフトの提案を人が確認する必要があります。

Q. 今からソフトを変えるのは手間ではありませんか？

A. 切り替え自体には一定の手間がかかります。ただし多くのソフトは無料期間があり、まずは現在使っている記帳方法と並行して試せます。取引先が多く判定作業が負担になっている人ほど、切り替えの効果が出やすい状況です。

Q. インボイス登録をやめれば、この対応は不要になりますか？

A. 登録を取りやめて免税事業者に戻れば、発行事業者としての管理は不要になります。ただし取引先との関係に影響することがあるため、経理の負担だけで判断せず、税理士に相談することをすすめます。

こんな人におすすめ

• 取引先が10社を超える個人事業主：手作業での判定・切り替え管理は、ミスの発生率が上がりやすい規模です。
• 確定申告を自分でやっている人：控除割合の反映もれは、申告時期にまとめて気づくと修正の手間が大きくなります。
• 逆に、取引先が数社で固定している人：手作業のスプレッドシートでも十分に管理できます。無理に切り替える必要はありません。
• 登録を続けるか迷っている人：まず税理士か国税庁の案内で判断してから、ツールの検討に進むのが順番として確実です。

まとめ

インボイス制度の経過措置は2026年10月1日に控除割合が80%から70%へ下がりました。確実に言えるのは、取引先の判定と割合の切り替え管理という経理の手間が増える方向にあることです。

取引先が数社なら手作業でも回せますが、数が増えるほど判定もれのリスクが上がります。自分で申告していて取引先が多い人は、クラウド会計ソフトで取引先登録時の自動判定と仕訳への反映を仕組み化しておくと、2028年10月の次の切り替え（50%）にも落ち着いて対応できます。

※料金・無料枠・機能は執筆時点のものです。最新は各公式でご確認ください。控除割合・登録の要否など税務上の判断については、国税庁の案内または税理士にご確認ください。

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参考にした情報

• マネーフォワード クラウド確定申告サポート「インボイス制度に対応するために必要な設定・操作について」（最終確認日：2026-09-25）
• マネーフォワード クラウド「個人事業主/副業向け価格・料金プラン」（最終確認日：2026-09-25）
• 国税庁「インボイス制度特設サイト」（最終確認日：2026-09-25）
• 国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」問113・問113-3（令和8年4月改訂・最終確認日：2026-10-04）